Để việc hoàn thuế GTGT được diễn ra nhanh chóng, thuận lợi thì các doanh nghiệp cần phải nắm được quy trình hoàn thuế, thời gian và quy trình hoàn thuế như thế nào? Sau đây Lamketoan.vn hướng dẫn các bạn tìm hiểu rõ hơn về quy trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế điện tử.
1. Cơ sở pháp lý
Thông tư 99/2016/TT-BTC ngày 29/06/2016 và có hiệu lực từ ngày 13/08/2016 hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.
Thông tư này hướng dẫn về việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc cơ quan thuế quản lý theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước, Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; bao gồm: việc tiếp nhận, giải quyết, kiểm tra, thanh tra hoàn thuế giá trị gia tăng; quản lý kinh phí dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng; trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.
2. Quy trình hoàn thuế giá trị gia tăng điện tử
Bước 1: NNT lập và gửi hồ sơ hoàn thuế
Theo điều 10 thông tư 99/2016/TT-BTC; NNT gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử cho CQT qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục thuế.
Xem thêm: Thủ tục hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng
Bước 2: Cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ
Theo điều 11 thông tư 99/2016/TT-BTC
- Cổng thông tin điện tử của Tổng cục thuế tự động nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử của NNT và chuyển đến cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế. Đồng thời gửi thông báo xác nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử (mẫu 01/TB-TĐT theo thông tư 110/2015/TT-BTC) cho NNT
- Thời điểm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử: là ngày ghi trên thông báo xác nhận nộp hồ sơ hoàn thuế điện tử
Bước 3: Phân tích đối chiếu số liệu của hồ sơ thuế
Theo điều 12, điều 13, điều 14 thông tư 99/2016/TT-BTC:
Phân loại hồ sơ hoàn thuế
+ Kiểm tra trước – hoàn thuế sau
+ Hoàn thuế trước – kiểm tra sau
Xem thêm: Các trường hợp kiểm tra trước – hoàn thuế sau và hoàn thuế trước – kiểm tra sau
Phân tích chi tiết hồ sơ hoàn thuế và đối chiếu số liệu với các tài liệu như:
+ Bảng kê chi tiết hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào theo tháng/quý của kỳ đề nghị hoàn thuế (NNT tự nhập trên excel để theo dõi hàng tháng/quý)
+ Bảng kê chi tiết hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ bán ra theo tháng/quý của kỳ đề nghị hoàn thuế (NNT tự nhập trên excel để theo dõi hàng tháng/quý)
Chú ý: Trên hỗ trợ kê khai thuế không còn bảng kê hóa đơn mua vào – bán ra. Nhưng hàng tháng/quý (tùy theo kỳ kê khai thuế của doanh nghiệp) kế toán vẫn phải kê khai chi tiết hóa đơn mua vào, bán ra trên file excel để thuận tiện cho việc đối chiếu, kiểm tra số liệu và thuận tiện cho việc hoàn thuế, kiểm tra thuế của CQT.
+ Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn hàng quý
+ Các tờ khai thuế GTGT đã nộp hàng tháng/quý, chứng từ nộp thuế GTGT của các tháng đề nghị hoàn thuế
Xác định số thuế GTGT được hoàn
Hoàn thuế trước – kiểm tra sau:
+) Nếu hồ sơ hoàn thuế không thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế
→ Trong vòng 3 ngày làm việc cơ quan thuế gửi mẫu 02/HT –TB (theo thông tư 156/2013/TT-BTC: thông báo về việc không được hoàn thuế)
+) Nếu hồ sơ hoàn thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế
→ Kiểm tra tính chính xác của số tiền thuế GTGT đề nghị hoàn trên hồ sơ hoàn thuế với hồ sơ khai thuế theo tháng/quý của NNT.
+) Nếu hồ sơ hoàn thuế chưa đủ thông tin để xác định hồ sơ hoàn thuế, CQT lập và gửi thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (mẫu 01/KTTT theo thông tư 156/2013/TT-BTC) qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục thuế trong thời hạn chậm nhất không quá 3 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế.
Trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế có Thông báo; người nộp thuế có trách nhiệm gửi các giải trình hoặc bổ sung thông tin; tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế. Quá thời hạn nêu trên; Thủ trưởng cơ quan thuế chịu trách nhiệm phê duyệt thay đổi phân loại hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau sang thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau; đồng thời gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC) cho người nộp thuế biết trong thời hạn 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ
Kiểm tra trước – hoàn thuế sau
Tiến hành kiểm tra, thanh tra thuế tại trụ sở của NNT để xác định số thuế được hoàn của NNT. Số tiền được hoàn phải đảm bảo được kê khai theo đúng quy định
Xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ được bù trừ với số tiền thuế GTGT được hoàn (điều 14 thông tư 99/2016/TT-BTC)
Bước 4: Thực hiện thủ tục hoàn thuế
Đề xuất hoàn thuế (điều 15 thông tư 99/2016/TT-BTC)
CQT căn cứ kết quả về: số tiền thuế GTGT được hoàn; số tiền thuế GTGT không được hoàn; số tiền thuế nợ phải bù trừ; số tiền thuế GTGT còn được hoàn trả cho NNT thực hiện lập đề xuất hoàn thuế; và dự thảo Quyết định hoàn thuế
Thẩm định hồ sơ hoàn thuế (điều 16 thông tư 99/2016/TT-BTC)
+) CQT thực hiện thẩm định: phiếu đề xuất hoàn thuế; dự thảo quyết định hoàn thuế; Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có) trước khi ban hành Quyết định hoàn thuế; (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước).
Thời hạn hoàn thành việc thẩm định hoàn thuế là: 01 (một) ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau; 03 (ba) ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước; hoàn thuế sau kể từ thời Điểm tiếp nhận đầy đủ hồ sơ đề nghị thẩm định.
+) Cục Thuế thực hiện thẩm định về thủ tục hoàn thuế; hồ sơ hoàn thuế; đối tượng và trường hợp được hoàn thuế; thẩm quyền ban hành quyết định hoàn thuế và nội dung khác có liên quan.
Giám sát hồ sơ hoàn thuế (điều 17 thông tư 99/2016/TT-BTC)
Tổng cục Thuế thực hiện giám sát tự động đối với hồ sơ hoàn thuế trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế. Kết quả giám sát phải được cập nhật tự động vào Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.
Ban hành quyết định hồ sơ hoàn thuế (điều 18 thông tư 99/2016/TT-BTC)
+) Cục trưởng Cục Thuế xem xét ký ban hành Quyết định hoàn thuế (theo mẫu số 01/QĐ-HT)/ Quyết định hoàn kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước (theo mẫu số 02/QĐ-HT); Thông báo về việc không được hoàn thuế (theo mẫu số 02/HT-TB); quy định tại Thông tư 156/2013/TT-BTC
+) Thời hạn ban hành Quyết định: chậm nhất không quá 06 (sáu) ngày làm việc đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau; 40 (bốn mươi) ngày đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước; hoàn thuế sau kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế
+) Quyết định được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế; theo quy định tại Điều 28 Thông tư 110/2015/TT-BTC.
Chi hoàn thuế cho NNT
Cục Thuế thực hiện lập Lệnh hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước; gửi Kho bạc nhà nước cấp tỉnh; kèm theo Quyết định hoàn thuế/Quyết định hoàn thuế; kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước.
Bước 5: Kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với người nộp thuế
Cơ quan thuế lập kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế và thực hiện kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế
Xem thêm: Cách tra cứu hồ sơ hoàn thuế điện tử nhanh, chính xác nhất