Ngày 29 tháng 6 năm 2016, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT đối với người nộp thuế và cơ quan quản lý thuế
Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc cơ quan thuế hướng dẫn thi hành bao gồm: việc tiếp nhận, giải quyết, kiểm tra, thanh tra hoàn thuế giá trị gia tăng; quản lý kinh phí dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng; trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng